DBWiki adalah sebuah wiki yang berfungsi sebagai pangkalan data anotasi struktur protein yang dikontribusikan oleh pengguna. Situs ini memuat daftar seluruh struktur protein yang tersedia dalam Protein Data Bank (PDB) serta anotasi tambahan yang disediakan oleh komunitas ilmiah. PDBWiki menggunakan perangkat lunak MediaWiki dan beroperasi dari tahun 2007 hingga 2013.[1][2]
Situs ini berhenti beroperasi pada tahun 2014 dan sejak saat itu tidak lagi dapat diakses, sehingga informasi yang telah disumbangkan oleh para pengguna tidak tersedia secara daring. Selama masa operasionalnya, PDBWiki memuat rincian lebih dari 50.000 struktur protein dan lebih dari 50 anotasi yang dikontribusikan pengguna, menjadikannya salah satu sumber rujukan komunitas dalam bidang biologi struktural pada masanya.
Motivasi
suntingProtein Data Bank (PDB) merupakan arsip pusat struktur biomolekul yang ditentukan secara eksperimental. Meskipun menyediakan akses luas terhadap data struktur, PDB pada dasarnya berfungsi sebagai repositori pengambilan data dan tidak menyediakan sarana kolaborasi, diskusi, atau umpan balik dari pengguna.
Tujuan utama PDBWiki adalah membangun repositori terpusat yang dapat diakses secara bebas, berisi informasi tambahan yang dikontribusikan pengguna, dan bermanfaat bagi peneliti yang bekerja dengan struktur PDB. Dalam konteks yang lebih luas, PDBWiki merupakan bagian dari upaya kurasi pangkalan data biologis berbasis komunitas.[3][4]
Tentang
suntingPDBWiki dikembangkan sebagai bagian dari inisiatif BioWiki dan diikutsertakan dalam Kompetisi Konten Bioinformatika Terbuka Internasional ketiga yang diselenggarakan oleh BiO.CC, sebuah situs informasi biologi yang dioperasikan oleh Korea Bioinformation Center (KOBIC).
Situs web PDBWiki dihentikan operasionalnya pada Januari 2014 dan digantikan dengan pemberitahuan pengalihan ke Proteopedia, sebuah proyek pangkalan data biologi struktural berbasis wiki yang memiliki tujuan dan pendekatan serupa.
Referensi
sunting- ^ "News". www.molgen.mpg.de. Diakses tanggal 2026-02-02.
- ^ Stehr, H.; Duarte, J.M.; Lappe, M.; Bhak, J.; Bolser, D.M. (2010-03-20), "PDBWiki: added value through community annotation of the Protein Data Bank", Database the Journal of Biological Databases and Curation, vol. 2010, hlm. baq009, doi:10.1093/database/baq009, PMC 2911844, PMID 20624717
- ^ Stehr, H.; Duarte, J.M.; Lappe, M.; Bhak, J.; Bolser, D.M. (2010-03-20), "PDBWiki: added value through community annotation of the Protein Data Bank", Database the Journal of Biological Databases and Curation, vol. 2010, hlm. baq009, doi:10.1093/database/baq009, PMC 2911844, PMID 20624717
- ^ Stehr, H.; Duarte, J.M.; Lappe, M.; Bhak, J.; Bolser, D.M. (2009-04-22), "PDBWiki", Nature Precedings, Berlin, Germany, doi:10.1038/npre.2009.3123.1
