 | |
|---|---|
| Konten | |
| Deskripsi | Klasifikasi Struktur Protein |
| Kontak | |
| Pusat penelitian | University College London |
| Laboratorium | Institut Biologi Struktural dan Molekuler |
| Tanggal rilis | 1997 |
| Akses | |
| Situs web | cathdb |
| URL pengunduhan | cathdb |
| Perangkat | |
| Lain-lain | |
| Frekuensi rilis data | CATH-B dirilis setiap hari. Sedangkan rilis resminya dilakukan kira-kira setiap tahun. |
| Versi | 4.3 |
Pangkalan data CATH (Class, Architecture, Topology, and Homology) adalah sumber daya daring gratis yang tersedia untuk umum yang menyediakan klasifikasi bertingkat dari hubungan evolusioner domain protein.[2] Pangkalan data ini dibuat pada pertengahan 1990-αan oleh Profesor Christine Orengo dan rekan-rekannya, termasuk Janet Thornton dan David Jones,[1] dan terus dikembangkan oleh kelompok Orengo di University College London. CATH memiliki banyak kesamaan fitur umum dengan sumber daya SCOP, namun terdapat juga banyak area di mana klasifikasi detailnya sangat berbeda.[3][4][5][6]
Klasifikikasi protein di dalam pangkalan data ini dilakukan secara otomatis dan manual ke dalam empat kategori besar dari atas ke bawah, yaitu Class, Architecture,Topology/ fold family, dan Homologous superfamily. Kumpulan protein yang diduga memiliki domain homolog satu dengan lainnya akan dikelompokkan ke dalam kategori Homologous superfamily. Lalu, kategori homolog ini dibandingkan satu sama lain dan dikelompokkan ke dalam kategori Topology berdasarkan topologi keseluruhan dan hubungan antar struktur sekunder. Kemudian, protein tersebut diklasifikasi lagi ke dalam kategori Architecture berdasarkan pada bentuk tiga dimensinya serta orientasi dari masing-masing struktur sekunder penyusunnya. Terakhir, kelompok protein tersebut diklasifikasi lagi ke dalam kategori Class berdasarkan pada komposisi struktur sekundernya, yautu semua -α, semua -β, campuran (α + β dan α / β), dan struktur sekunder lainnya.[2]
Referensi
sunting- ^ a b Orengo CA, Michie AD, Jones S, Jones DT, Swindells MB, Thornton JM (August 1997). "CATH--a hierarchic classification of protein domain structures". Structure. 5 (8). London, England: 1093–108. doi:10.1016/s0969-2126(97)00260-8. PMID 9309224.
- ^ a b Aprilyanto, Victor; Sembiring, Langkah (2017). Bioinformatika. Yogyakarta: Innosain. ISBN 9786026542328. Pemeliharaan CS1: Status URL (link)
- ^ "CATH: Protein Structure Classification Database at UCL". Cathdb.info. Diakses tanggal 2017-03-09.
- ^ "CATH". Cathdb.info. Diakses tanggal 2017-03-09.
- ^ "CATH Database (@CATHDatabase)". Twitter. Diakses tanggal 2017-03-09.
- ^ Pearl FM, Bennett CF, Bray JE, Harrison AP, Martin N, Shepherd A, et al. (January 2003). "The CATH database: an extended protein family resource for structural and functional genomics". Nucleic Acids Research. 31 (1): 452–455. doi:10.1093/nar/gkg062. PMC 165509. PMID 12520050.
